著查的深入，黑暗逐形，工藤作因的大而拜刑警插手。在日本警方及柯南的助下次阻止了其活，黑暗定。
黑暗偷了阿笠博士的家，捉住了少年探，留下了要工藤新一自前往救的暗示。在黑暗的部，琴酒(Gin)了灰原哀的真身份，以少年探的生命，要灰原哀作小的解。
早已深思熟的灰原哀在一天作出解和假死丸，巧妙的胖子伏特加的毒成假死丸。琴酒(Gin)果然在得到解後命胖子伏特加死阿笠博士及少年探.....
柯南迅速解暗示之，往黑暗的部，而一切被小看到。在小的要求下，毛利小五郎和警方暗示苦思不解，毛利小五郎在睡中突感而解。
在黑暗部，boss大犬出，其竟是日本大臣。大犬道出黑暗的密：裕仁天皇前留下一份血，有黑暗云云。 以是天皇要建立黑暗的。因而黑暗一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而隔十年仍法真正解血的含。
琴酒(Gin)灰原哀服下解後告胖子伏特加放灰原哀。大哥唯命是的胖子伏特加放了灰原哀，突然琴酒(Gin)被倒。真正的琴酒(Gin)出揭穿之前的他是基德假扮的。
日本大臣大犬(boss)此出基德之父其是的特工，事工作，而後 因的行得罪外而被迫其罪。
克莉 Cris（女教）道出柯南是新一的密，交柯南一份血，要求其解血之以小的解惑。柯南解血之，原是天皇死前下的悔和日本未的。boss大犬呆立在此.........
小到，正碰到琴酒(Gin)要柯南留言。柯南小道出真相表白後，琴酒(Gin)朝著柯南，小替柯南下子。灰原哀此震不已........
柯南於在要用麻醉射中琴酒(Gin)，而灰原哀胖子伏特加在搏中一同上跌下。 物有烈抗性的琴酒(Gin)居然醒，射boss大犬後欲柯南。而 cool guy十分欣的克莉 Cris 出手阻，人都受了重。
此刻工藤作，毛利小五郎和目暮警官等人到，小五郎的小大打出手，十分英勇。 在人的攻下，琴酒(Gin)道出自己的野心和自己身天皇美女政治家Gino的私生子的密後自。
此克莉 Cris 出自己是美安插在的，原美也想控制。
基德去之後，人急忙小和灰原哀送往院，的灰原哀又回小孩。黑暗被破後，解只剩下一。灰原哀被震，醒後只得人名字而其他忘的一乾二。小仍昏迷不醒，大夫若期昏迷可能植物人。服部平次建柯南回新一醒小，柯南只好如此。
而柯南身被布美看到。深夜步美到病房偷吻了回新一的柯南後便去了，且光，元太定保守新一的密。小於在新一的心照料下康。由於件案子，人都成了名人，小很不。工藤作要求新一及小一起前往美大。妃英理回到毛利小五郎身要小去美。
而毛利小五郎因英勇表而被聘回警局重案，此毛利小五郎道出早已知道柯南是新一而故意不破的真相。 在夕中新一看到灰原哀和少年探心的玩耍而感欣慰。
在，人送新一和小去，只有灰原哀偷偷身去著自己和柯南的照片垂...........
